1) 水环境背景值调查 指在未受人为污染影响的状况下，确定水体在自然发展过程中原有的化学组成。因目前难以找到不受污染影响的水体，所以测得的水环境背景值实际上是一个相对值．可以作为判别水体受污染影响程度的参考比较指标。进行一个区域或河段的评价时，可将对照断面的监测值作为背景值。
2) 污染源调查评价 污染源是影响水质的重要因素，通过污染源调查与评价，可确定水体的主要污染物质，从而确定水体监测及评价项目。
3) 水质监测 根据水质调查和污染源评价结论，结合水质评价目的，评价水体的特征和影响水体水质的重要污染物质，制定水质监测方案，进行取样分析，获取进行水质评价必需的水质监测数据。
4) 确定评价标准水质标准是水质评价的准则和依据。对于同一水体，采用不同的标准会得出不同的评价结果，甚至对水质是否污染结论也不同。因此应根据评价水体的用途和评价目的选择相应的评价标准。
5) 按照一定的数学模型进行评价。
6)评价结论根据计算结果进行水质优劣分级，提出评价结论。为了更直观地反映水质状况，可绘制水质图。
